Ш. Ш. Уәлихановтың ата-бабалары байырғы сұлтандар әулетіне жатады. Оның бабасы, Орта жүздің ханы Абылай алғашқылардың бірі болып Ресейдің қол астына кіріп, өмірінің соңына дейін Ресеймен сауда және саяси байланыс жасап отырды. Абылайдың үлкен баласы, Орта жүздің соңғы ханы Уәли бұл байланысты одан әрі дамыта түсті*2. Шоқан Уәлиханов фамилиясына туған атасы Уәли есімін алады.
ХIХ ғасырдың екінші жартысында Г. Н. Потанин жазып алған Уәлихановтардың отбасына қатысты әңгімеде былай делінеді: «Уәли ханның екі қыстауы болған, бірі - Көкшетаудың шығыс жағындағы хан көлінде, екіншісі - Сырымбетте. Абылайдың бәйбішесі Сайманнан өрген ұрпақтар қазір де сонда (яғни, Бурабай жағасында) тұрады. Айғанымның (Уәли ханның кіші әйелі) балалары Сырымбетте»*3.
Уәли хан мен оның ұрпақтарына мұрасы ретінде тиген Бас орда Бурабай көлінің жаға-сында орналасқан және ол түрліше (Орда, Хан көлі, Ханның Қызылағашы т. с. с.) атпен белгілі болатын.
Хан билігі жойылып, «Сібір қырғыздары жөніндегі Жарғы» қабылданғаннан кейін Уәли ханның мұрагерлікке қалдырған жерлері балаларына бөлініп берілді. Оның қара шаңырағы Қызылағаш үлкен баласы Ғұбайдоллаға және оның ұрпақтарына көшіп*4, ал Сырымбет Уәлидің кіші әйелі Айғанымның балаларының еншісіне тиді.
Шоқанның әкесі, Абылай ханның немересі Шыңғыс Уәлиев 1811 жылы Қызылағашта (басқа деректер бойынша Сырымбетте) туған. Уәли қайтыс болғанда Шыңғыс жеті жаста еді. Шыңғыс жас кезінен бастап орыстармен тығыз қарым-қатынас жасады, Омбы әскери училищесін тамамдады, патша әкімшілігіне жақын қазақ ақсүйектерінің бірі болды. Әке мұрасына Уәлидің үлкен баласы Ғұбайдолла ие болу керек еді, алайда саяси себептерге байланысты ол өзінің бұл құқығына ие бола алмады. Сөйтіп отбасына Уәли ханның жесірі, Шоқан Уәлихановтың әжесі Айғаным (1783-1853 жж.) бас болады.
Айғаным ақылды, көреген, өзінің заманына сай білімді болған әйел. Ол шығыстың бірнеше тілдерін білген, орыс мәдениетіне ден қойып, Сыртқы істер министрлігінің Азия департаментімен және Петербордағы Сібір комитетімен хат жазысып, байланысып отырған. Айғаным жергілікті халықтың арасында өте зор беделге ие болды. Мұрағат мәліметтері Айғанымның қоғамдық-саяси мүдделерінің өте ауқымды болғанын көрсетеді. «Сібір қырғыздары жөніндегі Жарғы» қабылданғаннан кейін, Орталық және Солтүстік Қазақстандағы қандай да маңызды оқиғалар оның қатысуынсыз өткен емес.
